Los famosos mutantes del Profesor Charles Xavier (Patrick Stewart) se enfrentan a una situación crítica: un grupo de científicos ha logrado crear una "cura" que convierte a los mutantes en seres humanos "normales" sin poderes. Algunos están deseosos de probarla, porque no se sienten felices con su condición. Pero otros ven en esto una amenaza personal contra los mutantes y responden con fiereza. Precisamente el malvado Magneto (Ian McKellen) y sus secuaces aprovecharán la ocasión para intentar de nuevo imponer su autoridad y acabar con todos los no mutantes en una sangrienta guerra.